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SIFR BioPortal & AgroPortal : gestion d’ontologies et d’alignements pour les communautés biomédicales et agronomiques

Clement Jonquet, Vincent Emonet, Anne Toulet – 7 juin 2016

En quelques mots

Dans ce tutoriel, nous nous intéressons aux questions relatives à la gestion de la connaissance en santé, biologie et agronomie, en particulier via l’utilisation d’ontologies pour l’intégration, l’annotation et l’indexation sémantique… et en plusieurs langues.

Si vous développez une ontologie dans un de ces domaines ou chercher à en utiliser, alors ce tutoriel est pour vous !


Dans le cadre des projets SIFR et AgroPortal nous développons deux portails d’ontologies et de services à base d’ontologies. Ces plateformes réutilisent la technologie du NCBO BioPortal, qui est le portail de référence en biomédecine avec plus de 500 ontologies à ce jour. Dans ce tutoriel, nous faciliterons l’utilisation de cette technologie (qq. soit le portail) pour répondre à plusieurs questions :

  • Vous souhaitez utiliser une ontologie. Laquelle ? Où et comment la trouver ?
  • Vous souhaitez rendre publique une ontologie. Où et comment ? Qu’est-ce qui existe pour vous faciliter la vie ?
  • Vous souhaitez annoter des données textuelles facilement en français, ou en anglais. Comment utiliser le NCBO ou SIFR Annotator ?
  • Vous avez aligné des ontologies et souhaitez rendre public les alignements. Ou, comment ? Quels autres alignements utiliser ?


Contexte scientifique

Le volume de données en biomédecine et en agronomie ne cesse de croître. L'intégration de données et l'interopérabilité sémantique sont indispensables pour permettre de nouvelles découvertes scientifiques qui pourraient émerger du rapprochement des différentes données disponibles. Les terminologies et les ontologies jouent un rôle central pour structurer les données d’un domaine et les rendre interopérables. Par exemple, elles sont utilisées pour créer des index sémantiques, destinés à améliorer la recherche et la fouille de données grâce aux connaissances que ces ontologies formalisent.

Cependant, gérer la disponibilité, le nombre, et l’hétérogénéité de ces ontologies est un vrai challenge. Dans le cadre du projet SIFR (Semantic Indexing of French biomedical Resources), le LIRMM collabore avec l’université de Stanford pour réutiliser et améliorer la technologie du NCBO (National Center for Biomedical Ontology), qui développe un portail d’ontologies biomédicales : le NCBO BioPortal (http://bioportal.bioontology.org). Nous réutilisons cette plateforme à la fois pour mettre à disposition un portail d’ontologies/terminologies biomédicales francophones (le SIFR BioPortal); mais aussi pour mettre à disposition un portail d’ontologies agronomiques (AgroPortal). Cette stratégie nous permet de capitaliser sur des résultats déjà obtenus dans le domaine de la biomédecine et de les porter à la fois dans d’autres langues et vers d’autres domaines. Dans ce contexte, nous avons implémenté des fonctionnalités nouvelles dans ces plateformes.


Contenu du tutoriel

Le tutoriel (3h) consistera à démontrer les fonctionnalités de la technologie du NCBO, quel que soit le portail, et donc le contenu, que l’on souhaite utiliser. Dans un premier temps nous passerons en revue les fonctionnalités de la plateforme, puis nous regarderons de plus près certaines des nouvelles fonctionnalités que nous avons implémenté. Nous illustrerons à l’aide de l’interface graphique de la plateforme, mais focaliserons sur l’usage de son API REST. Nous verrons comment :

  • Charger une ontologie dans BioPortal et préciser les métadonnées en suivant les recommandations du web sémantique.
  • Faire vivre une ontologie avec sa communauté à l’aide du portail.
  • Identifier une ontologie pour une tâche. Pour un certain jeu de données à annoter ou pour autre chose.
  • Annoter ses données avec le service d’annotation de la plateforme.
  • Utiliser et ajouter des alignements entre ontologies.
  • Utiliser l’API REST ou le SPARQL endpoint

 Pas de matériel spécifique nécessaire (si ce n’est son ordinateur portable).

Pour participer, contacter Clement Jonquet

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